Nacido en Badalona (Barcelona) el 17 de noviembre de 1807, ingresó en la orden de San Jerónimo, en El Escorial, en octubre de 1827. Allí cursó los estudios eclesiásticos y se ordenó sacerdote el 7 de abril de 1832. Al ser sustituida, en 1837, la comunidad de Jerónimos (exclaustración) por una corporación de capellanes seculares, Pagés quedó al frente de la misma. Y él dirigió en calidad de Prior los fugaces intentos de refundación de la comunidad monástica en 1847 y en 1854; pero se tiene la impresión de que era un hombre autoritario no muy aceptado por sus antiguos hermanos de hábito, lo cual debió de ser, más tarde, uno de los impedimentos para que Claret, al principio de su presidencia del Escorial, lograse reunir una pequeña comunidad de monjes. Durante el bienio progresista (1854-56) fue vice-presidente del grupo de capellanes, y tras el bienio quedó al frente de la lánguida real capilla del Escorial. Entre 1858 y 1859 se quedó casi solo, o con el también ex-monje P. Manzano, pues los otros capellanes, informados de que entraría Claret de presidente, fueron marchándose
Como testigo de las antiguas instituciones del monasterio, en la noche del 19 de septiembre de 1858, cundo Claret regresaba del viaje con los reyes por León, Asturias y Galicia, y en Arévalo había recibido oficiosamente el nombramiento de presidente del Escorial, informó ampliamente a Claret sobre las mismas, cuando el arzobispo acababa de recibir verbalmente el nombramiento de presidente. Y en agosto de 1859 se puso a su entera disposición cuando dicho nombramiento se hizo oficial, nombramiento que el propio P. Pagés trabajó por agilizar. Claret, por su parte, le nombró vicepresidente y le puso al frente de la corporación de capellanes que de inmediato comenzó a formarse; en ella figuraban otros dos ex-jerónimos, los PP. Manzano y Hava. Pero quizá fue el propio P. Pagés el obstáculo para que pudiera reunirse un grupo más numerosos de ex-monjes, más acorde con lo que Claret y la Reina pretendían para el monasterio; los ex-monjes no le querían como superior. Los numerosos nombramientos que en esos años recibió del gobierno hacen presumir que fue un hombre hábil y capaz de bandearse en las más variadas situaciones.
Durante los años 1859-60 es estrecho colaborador de Claret en todo lo referente al monasterio; menudean sus encuentros y su correspondencia; Claret muy pronto le honra con el título de “compañero en los disgustos de ese monasterio” (EC II, p. 53), y le consulta sobre todas las iniciativas que va tomando en relación con la corporación de capellanes y la puesta en marcha del seminario supradiocesano.
En noviembre de 1860 presentó la renuncia a “su destino y los cargos que ejerce en dicho monasterio” (EpPas II, p. 514), que, con el acuerdo de Claret, le fue aceptada por la Reina; fue entonces cuando entregó a Claret las tristemente célebres “alhajas del Escorial” (EC II, p. 1349; EP III, p. 356), por cuyo supuesto robo Claret –exiliado en Francia- fue juzgado en Colmenar Viejo y vituperado por la prensa anticatólica. Esta renuncia del P. Pagés probablemente se debió a que percibió que Claret tenía más confianza en sus antiguos colaboradores, recién llegados de Cuba (D. Dionisio González, D. Antonio Barjau y Fr. Antonio de Galdácano), que en él; es decir, fue problema de celos.
En 1861 debió de ser cabecilla de un grupo de capellanes opuestos a Claret y D. Dionisio González, por lo cual éstos tuvieron tomada la decisión de expulsarle del Escorial (EC II, p. 259s); pero las cosas se arreglaron de otra forma: el 3 de diciembre salió por jubilación, debida al “mal estado de su salud” (EpPas II, p. 579) (¡fecha que se contradice con la de D. Dionisio de EC III, p. 372 nota: 18 de mayo!). Resentido contra sus antiguos superiores, intrigó contra El Escorial ante políticos antirreligiosos y antimonárquicos, que en una borrascosa sesión de las cortes, el 17 de diciembre de 1861, denigraron a Claret sin piedad y al P. Pagés le calificaron de “varón respetable por su virtud”. Al parecer el P. Pagés había dado al diputado Figuerola o a Ruiz Zorrilla los nombres de dos profesores del Escorial (“D. Emilio y D. Tomás”, estudiantes de teología, y de D. Antonio, supuesto director, cf. TB III, p. 1072), que ejercían sin la titulación necesaria [Ciertamente el colegio de 2ª enseñanza había echado a andar en aquel verano de 1861 un tanto precipitadamente, quizá con algunos profesores provisionales o “maestrillos”, cuyas calificaciones firmaría un catedrático residente en otro lugar].
El P. Pagés se estableció por un tiempo en Sevilla, donde, en 1863, recibió el cargo de capellán real de San Fernando. Pero con la revolución de 1868 regresó al Escorial, donde la junta revolucionaria le nombró director del colegio de segunda enseñanza (EpPas III, p. 335). En el breve tiempo que desempeñó el cargo, colocó allí también a D. Francisco de Asís Aguilar, profesor del colegio y del seminario en los años 1854-55. Pero en 1869 le cesaron, y le sustituyó un escolapio, primo del político anticlerical Ruiz Zorrilla (EpPas III, p. 391).
Ya en la restauración, en 1879 el P. Pagés obtuvo el nombramiento de capellán de honor de número de Su Majestad. Finalmente obtuvo una canonjía en la catedral de Sevilla, donde murió el 25 de abril de 1891 [todo esto cuadra mal con su jubilación por enfermedad en 1861!!!].