Nació en Navarrete (La Rioja) el 2 de febrero de 1811. Estudió en la universidad de Valladolid, donde se doctoró en teología y seguidamente fue catedrático de moral. También fue catedrático de filosofía como sustituto de D. Dionisio González, con quien, casualmente, años más tarde se encontraría en Cuba. En febrero de 1850 fue nombrado canónigo penitenciario de Valladolid y teólogo consultor de la nunciatura de Madrid.
En mayo de 1858, el nuncio Barili incluye a Negueruela en una lista de eclesiásticos de los que tiene buenos informes y que considera candidatos al episcopado, lista que envía a Claret para que le ayude en sus discernimientos (ECpas II, p.89). Por encargo del nuncio, Claret escribió a Negueruela a comienzos de 1859 pidiéndole que aceptase la mitra de Santiago (era el quinto intento en su búsqueda de sucesor, pues Esteban Sala había fallecido durante los trámites, Pallarola había renunciado –afortunadamente- en esa misma situación, y los PP. Lluc, carmelita, y Félix de Cádiz, capuchino, no habían aceptado) y le aconseja que, tan pronto como reciba el nombramiento, designe un representante suyo en Santiago para que gobierne la diócesis hasta que él llegue (EC I, p. 1748). Al recibir el aviso del nuncio, Negueruela consultó de nuevo a Claret antes de aceptar (ECpas II, p. 278), y no sólo por carta sino en viaje personal a Madrid. Parte importante de estas conversaciones fue la fecha en que Negueruela tomaría posesión del arzobispado, desde luego no antes de que la renuncia de Claret fuera efectiva, para evitar situaciones de cisma, que eran una pesadilla en aquella época (cf. ECpas II, p. 299s, 345, 387). Entre tanto, Claret insistirá a D. Dionisio González, su gobernador eclesiástico, en que no deje el gobierno hasta el momento mismo en que Negueruela tome posesión, para que no haya un solo momento de vacante, en que pudiera intervenir la autoridad civil y provocar cisma.
Aceptó D. Manuel Negueruela el 17 de mayo de 1859, y, debido a una erisipela y otras circunstancias, se retrasó algo su expediente. Fue preconizado el 24 de septiembre fecha a partir de la cual Claret deja de firmarse “arzobispo de Cuba”, reduciéndose a simplemente “arzobispo”. La consagración se realizó el 30 de noviembre; ésta tuvo lugar en la iglesia de las salesas reales, de Madrid, y la realizó el nuncio Barili asistido por Claret y por el Patriarca de las Indias.
El 12 de enero de 1860 se embarcó Negueruela para Santiago, a donde llegó el 12 de febrero; al día siguiente tomó posesión de la archidiócesis. Es el momento en que Claret dejó de ser arzobispo-administrador (en julio le darían el título de Trajanópolis); a petición del nuevo arzobispo, los últimos representante y colaboradores de Claret, D. Dionisio González, D. Antonio Barjau y Fr. Antonio de Galdácano, seguirán en Cuba algo más de dos meses: “El amigo D. Dionisio [González de Mendoza] nos va enterando de los negocios, haciéndonos un importante servicio, así como los SS del Seminario [ Barjau y Galdácano], que tanto bien han hecho en él. Procuraré continuar la obra comenzada por V., esperando que Dios y el tiempo irán borrando los recuerdos del anterior desorden” (EpPas II, p. 441). Los tres generosos colaboradores saldrían finalmente de la isla en dirección a Madrid, “después de haber estado juntos algunos días o semanas con el nuevo Arzobispo y su Gobierno y haberles informado de todo personalmente” (EpCurrius carta 570), el 25 de abril y, llegados a la capital a mediados de junio se pondrán a las órdenes de Claret, el cual los empleará en sus tareas de revitalización del Escorial.
El 6 de marzo de 1860 escribía Mons. Negueruela a Claret diciéndole, entre otras cosas, que iba a sentir mucho la vuelta a la península de D. Dionisio y compañeros, que le habían ido informando de todo, “haciéndonos un importante servicio”. Él por su parte, se proponía “continuar la obra comenzada por V., esperando que Dios y el tiempo irá borrando los recuerdos del anterior desorden y preparando un nuevo y venturoso estado para la diócesis” (ECpas II, p. 441).
Pronto entró en contacto con el convento de Enseñanza (Claretianas) de Santiago y supo de su precariedad en cuanto a aprobación de las Constituciones: “He visitado a las monjitas y ofrecídoles todo mi amparo” (EpPs II, p. 441); al mismo tiempo se hizo valer en cuanto responsable directo del convento: “La Bula debe venir a mí; Ustedes están sujetas al Ordinario… Tengo muchas cosas a que atender, pero una de las principales es favorecer a Ustedes” (EpCurrius, carta 695). Incluso se dispuso a invertir sus ahorros en la ampliación del edificio. Al conocer su fallecimiento, Currius exclamó: “otro apuro para nuestras monjitas” (carta 820, a Naudó).
Parece que intentó continuar la práctica de Claret de llevar a Cuba seminaristas catalanes para que se ordenasen allí y se quedasen al servicio de la archidiócesis (EpCurr, carta 776).
Pero apenas tuvo tiempo de comenzar ninguna gran empresa. Negueruela murió en Santiago de Cuba el 30 de junio de 1861 a consecuencia de un ántrax que había contraído dos meses antes en Camagüey. El nuncio Barili lamentaba así su fallecimiento ante Claret: “¡Qué grave desgracia la muerte del Sr. Negueruela! ¡Apenas comenzaba a realizar las esperanzas que había hecho concebir, lo hemos perdido! No dudo que Dios lo habrá acogido en su santa paz” (ECpas II, p. 615).